El Departamento de Química Orgánica fue creado en el año 2010 por acuerdo del Consejo de Gobierno de la Universidad de Zaragoza de fecha 15 de febrero, por el que se dividió el antiguo departamento de Química Orgánica y Química Física.

El departamento tiene asignada docencia en la Facultad de Ciencias, en la Escuela de Ingeniería y Arquitectura (EINA), en la Escuela Politécnica Superior (EPS) de Huesca y en la Facultad de Educación. La docencia se imparte en varios grados y másteres universitarios.

Asimismo, el departamento tiene una intensa actividad en Doctorado y el programa de Doctorado en Química Orgánica está distinguido con la Mención hacia la Excelencia por la Secretaría General de Universidades.

La sede del departamento de Química Orgánica se encuentra en el edificio D (Química), de la Facultad de Ciencias. Sus instalaciones se reparten entre la 2ª planta del edificio, donde se encuentra la Secretaría, un laboratorio y varios despachos, y la 3ª planta, que alberga la mayoría de los despachos y laboratorios, así como la biblioteca-sala de reuniones. Además, en la EINA y en la EPS, el departamento dispone de despachos, laboratorios destinados a docencia compartidos con otros departamentos y laboratorios de investigación.

El personal del departamento está integrado por el personal docente e investigador (PDI) y el personal de administración y servicios (PAS).

El PDI estable se compone de profesores universitarios e investigadores del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). La mayoría de los profesores del Departamento y todos los investigadores se integran en alguno de los siguientes Institutos de investigación: Instituto de Nanociencia y Materiales de Aragón (INMA), Instituto de Síntesis Química y Catálisis Homogénea (ISQCH) e Instituto de Biocomputación y Física de Sistemas Complejos (BIFI).

Asimismo, en el departamento trabajan investigadores no permanentes, tanto doctores como en formación predoctoral.

Muchos de los investigadores, tanto permanentes como no permanentes, colaboran en la docencia del departamento. Además, varias personas ajenas al departamento participan en las labores docentes como colaboradores extraordinarios.

El PAS se compone actualmente de la Jefatura de Negociado y de tres puestos de Técnico Especialista de Laboratorios y Talleres, dos de ellos con destino en la Facultad de Ciencias y el otro en la EINA.